Outre les documents concernant l'administration générale, le fonctionnement de l'établissement pénitentiaire de Nantes (peu nombreux), l'essentiel des archives concerne les détenus des deux prisons et, plus précisément, est composé de registres d'écrou. L'existence de registres spécifiques pour les incarcérations ordonnées, d'une part par les Allemands, puis d'autre part, lors de la Libération de Nantes, par les Forces françaises de l'intérieur est à signaler. Les incarcérations effectuées à Nantes par le Service de police anti-communiste (SPAC) et par la Milice sont également mentionnées à part, au sein du répertoire concernant les personnes détenues sur ordre des Allemands.