Contexte historique

Le 1er septembre 1939, la ville de Strasbourg est déclarée « ville ouverte » : ses habitants sont évacués le 3 septembre à Clermont-Ferrand. L’Université n’échappe pas à cet exode et se replie, en 48 heures, avec ses bibliothèques, ses instituts et son administration. Ce sont ainsi 1 200 étudiants, 175 enseignants et plusieurs dizaines d’agents administratifs et techniciens qui quittent l’Alsace pour l’Auvergne et y reçoivent un accueil fraternel. À la suite de l'armistice du 22 juin 1940, la France est coupée en deux, les nazis occupent la zone Nord et le régime de Vichy est mis en place dans la zone Sud où se situe Clermont-Ferrand. Strasbourg, quant à elle, est incorporée au Troisième Reich et les nazis y créent la Reichsuniversität Straßburg. 

Grâce à la volonté tenace du recteur Terracher et des doyens des sept facultés, les cours reprennent dès la rentrée universitaire de 1940. Dès 1941, l’université française voit naître différents mouvements de Résistance, mêlant étudiants et professeurs venant de Strasbourg et de Clermont-Ferrand tels que Combat Étudiant, fondé par Jean-Paul Cauchi, un étudiant en histoire venu de Strasbourg.

L'occupation allemande de la zone Sud en novembre 1942 permet aux Allemands de lancer des opérations destinées à fragiliser l'Université française, repliée à Clermont-Ferrand. Les nazis, dont en premier lieu le Reichsführer-SS Heinrich Himmler, veulent, dans l'intérêt de la nation allemande, fermer l'université française et rapatrier à Strasbourg 500 Alsaciens considérés comme « Allemands de souche ». Ils menèrent ainsi plusieurs rafles dans les locaux universitaires et résidences étudiantes sous couvert de lutte contre la Résistance :

- Le 25 juin 1943, la Gestapo pénètre en armes dans le foyer universitaire de « La Gallia ». 40 étudiants sont arrêtés ; les étudiants juifs sont dirigés vers Drancy, puis Dachau et Buchenwald.
- Le 25 novembre 1943, l’université est à nouveau encerclée et investie : près de 1 200 personnes sont interpellées et 110 personnes déportées vers les camps, dont une trentaine seulement reviendront. Le professeur Paul Collomp (1885-1943), papyrologue, est abattu et laissé agonisant devant sa salle de cours.
- Le 8 mars 1944, une nouvelle dénonciation fait des ravages, notamment à la faculté de médecine.

Le recteur Terracher est suspendu. Etudiants et enseignants poursuivent le combat aussi bien dans le maquis que dans les rangs de la brigade Alsace-Lorraine, puis de la 2e DB du général Leclerc.

C'est au cours de l’année 1944 que les deux villes sont libérées, Clermont-Ferrand, le 27 août et Strasbourg, le 22 novembre. Avec la retraite des troupes allemandes, l'université allemande fut transférée à Tübingen et dissoute par la suite, tandis que l'université française revenait à Strasbourg le 25 novembre 1945. Au final, les populations universitaires de Clermont-Ferrand et de Strasbourg ont été très affectées par la guerre ; elles ont déploré à la fin de la guerre 139 disparus. De cette période trouble, Louis Aragon a publié en 1944 dans son recueil La Diane française un poème intitulé La Chanson de l'Université de Strasbourg, décrivant la lutte des populations universitaires strasbourgeoise et clermontoise face à l'occupant nazi.

L'Université de Strasbourg a reçu la Médaille de la Résistance avec rosette par décret en date du 31 mars 1947.